Președintele AOPD activează în bază de voluntariat și este concomitent și președintele Consiliului de Administrare. Este ales de Adunarea Generală pe un termen de 2 ani și pentru maxim de 2 mandate consecutiv. La data de 11 aprilie 2023 a fost convocată în sesiune ordinară Adunarea Generală, fiind ales președinte al AOPD Vitalie Meșter, director executiv al Centrului pentru Drepturile Persoanelor cu Dizabilități (CDPD).
Organul suprem de conducere al AOPD este Adunarea Generală a membrilor sau a delegaților acestora, care se întrunește în sesiune ordinară și extraordinară. Mandatul tuturor organelor alese de Adunarea Generală este de 2 ani.
Consiliul de Cenzori efectuează controlul economico-financiar al activității AOPD. Este ales pe o perioadă de 2 ani și format din 3 membri. Controlul este efectuat o dată pe an. Membrii Consiliului de Cenzori sunt: Iachim Ludmila AO „Motivație”, Emma Matreniuc AO „VIVERE” și Svetlana Panaitova AO „Inspirație”.
Directorul executiv este ales prin concurs de Consiliul de Administrare. Acesta asigură conducerea activității curente a AOPD și pune în aplicare deciziile Consiliului de Administrare. Începând cu luna aprilie 2017, Galina Climov este numită în funcția de director al AOPD, prin decizia Consiliului de Administrare.