Președintele AOPD activează în bază de voluntariat și este concomitent și președintele Consiliului de Administrare. Este ales de Adunarea Generală pe un termen de 2 ani și pentru maxim de 2 mandate consecutiv. La data de 23 aprilie 2019 a fost convocată în sesiune ordinară Adunarea Generală, fiind ales președinte al AOPD Lucia Gavriliţă, director executiv AO „Speranţa”.
Organul suprem de conducere al AOPD este Adunarea Generală a membrilor sau a delegaților acestora, care se întrunește în sesiune ordinară și extraordinară. Mandatul tuturor organelor alese de Adunarea Generală este de 2 ani.
Consiliul de Cenzori efectuează controlul economico-financiar al activității AOPD. Este ales pe o perioadă de 2 ani și format din 3 membri. Controlul este efectuat o dată pe an. Membrii Consiliului de Cenzori sunt: Asociația „MOTIVAȚIE” din Moldova, Asociaţia Keystone Moldova și AO „Speranța”.
Directorul executiv este ales prin concurs de Consiliul de Administrare. Acesta asigură conducerea activității curente a AOPD și pune în aplicare deciziile Consiliului de Administrare. Începând cu luna aprilie 2017, Galina Climov este numită în funcția de director al AOPD, prin decizia Consiliului de Administrare.